Table des matières
microbiote
Définition
Ensemble de microorganismes (bactéries, virus, champignons non pathogènes, parasites) vivant dans un milieu particulier.
n. m. (gr. micro, petit, et bios, vie).
syn. : voir « Remarque linguistique et/ou historique.
Voir : bactérieplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbactérie
Microorganisme unicellulaire (de 1 à quelques micromètres) ne possédant pas de noyau véritable (procaryote), ni d’autres organites., microorganismeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmicroorganisme
Organisme visible seulement au microscope., parasiteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigparasite
Organisme vivant aux dépens d’un autre sur lequel il prélève des éléments nutritifs nécessaires à son métabolisme., pathogèneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigpathogène
Se dit d’agents pouvant provoquer une maladie : virus, bactéries, champignons, protozoaires, et autres parasites, mais aussi agents chimiques (nicotine, mercure) ou physiques (rayonnements nucléaires)..
Informations complémentaires
Parmi les microbiotes, les plus étudiés sont ceux du système digestif (flore intestinale), de la rhizosphère et, en général, des sols. On se reportera à l’entrée « holobionte » qui traite de l’entité hôte-microbiote.
Voir : holobionteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigholobionte
Entité vivante naturelle, constituée d’un organisme (animal ou plante) et de son microbiote (bactéries, virus, archées, protistes et champignons microscopiques)., rhizosphèreplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigrhizosphère
Partie du sol autour de l’appareil racinaire, où se font des échanges entre la plante, le sol et les micro-organismes., solplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsol
Partie superficielle émergée de l’écorce terrestre, plus ou moins meuble, de structure et de qualité variable, cultivée ou non., système digestif.
Microbiote intestinal humain
Le microbiote intestinal commence à se former lors l’accouchement, à partir de la flore fécale et vaginale maternelle. Il se diversifie avec le développement de l’enfant et de son contact avec le monde extérieur.
Chez les humains, il est principalement localisé dans l’intestin grêle et le colon.
Rôle du microbiote
Les rôles attribués à la flore intestinale sont variés : contribution à la digestion, barrière contre les agressions par des pathogènes externes (renforcement du système immunitaire), production de vitamines essentielles (K et B12), etc.
Les résultats montrent que le microbiote pourrait produire des substances ayant une action sur le cerveau, celui-ci ayant inversement une action sur le microbiote.
Déstabilisation du microbiote
Les microbiotes intestinaux forment ainsi des écosystèmes indispensables au bon équilibre des organismes les hébergeant, et que la nature de leurs relations est d’ordre symbiotique. La déstabilisation (appelée dysbiose) de ces écosystèmes par des agents extérieurs (antibiotiques, pesticides), ou un déséquilibre alimentaire, entraîne des pathologies diverses (obésité, diabète, allergie, maladies d’Alzheimer et de Parkinson, cancers, etc.).
Voir : allergieplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigallergie
Sensibilité accrue d’un organisme vis-à-vis de substances étrangères (allergènes), provoquant chez lui des réactions variées, parfois excessives., antibiotiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigantibiotique
Substance naturelle ou artificielle ayant, à faible dose, une action bactériostatique (empêchant la multiplication de bactéries) et, à plus fortes doses, une action bactéricide (tuant les bactéries)., diabèteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdiabète
Maladie non transmissible correspondant à un trouble de l’assimilation, de l’utilisation et du stockage des sucres apportés par l’alimentation se traduisant par un taux élevé de glucose dans le sang (hyperglycémie)., digestionplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdigestion
Processus au cours duquel de la matière organique passe d’une forme complexe inutilisable directement, en molécules plus simples assimilables (nutriments), pour un organisme comme pour une cellule., écosystèmeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigécosystème
Ensemble fonctionnel (système) formé d’une biocénose (communauté d’êtres vivants) et du biotope (milieu : eau, sol, et atmosphère)., floreplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigflore
Ensemble des micro-organismes présents dans un environnement particulier (tube digestif, rhizosphère, sols, etc.)., obésitéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigobésité
Excès de masse grasse d’un organisme ayant des conséquences néfastes pour sa santé., pathogèneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigpathogène
Se dit d’agents pouvant provoquer une maladie : virus, bactéries, champignons, protozoaires, et autres parasites, mais aussi agents chimiques (nicotine, mercure) ou physiques (rayonnements nucléaires)., pathologieplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigpathologie
Science des causes, des symptômes, des mécanismes physiologiques et de l’évolution des maladies., symbioseplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsymbiose
Relation impliquant une interdépendance entre des organismes appartenant à des espèces différentes., système immunitaireplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsystème immunitaire
Ensemble de moyens de défense d’un organisme contre toute intrusion, dans son milieu intérieur, de substances organiques étrangères ou d’organismes pathogènes (bactéries et virus)., toxiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigtoxique
Qualifie une substance qui provoque des effets néfastes pour la santé des organismes vivants., vitamineplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigvitamine
Molécule organique, sans valeur énergétique, indispensable à l’équilibre physiologique de certains organismes..
Microbiote cutané
Le microbiote cutané correspond à la flore microbienne (archées, bactéries, virus, levures), principalement situés en surface de la peau, sur l’épiderme, mais aussi à l’intérieur des glandes sudoripares et des glandes sébacées ainsi que dans la gaine des poils. Il constitue la première barrière du système immunitaire entre l’organisme et l’environnement. Les bactéries commensales de la peau laissent peu de place à d’autres germes, potentiellement pathogènes pour s’implanter, par exemple lors d’une blessure superficielle.
Certaines espèces produisent des molécules (peptides ou acides) capables d’inhiber la croissance d’espèces impliquées dans certaines infections cutanées. D’autres peuvent attirer les cellules immunitaires de la peau, renforçant ainsi les autres actions de défense. D’autres encore, présentes sur une plaie superficielle, peuvent favoriser la multiplication des cellules de l’épiderme, accélérant ainsi la réparation de la plaie.
Voir : acideplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigacide
Molécule pouvant fournir des ions hydrogène (H+)., archéeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigarchée
Organisme procaryote (ne comprenant ni noyau, ni organite), mais différents des bactéries., épiderme peptide, sudation virus.
Microbiote chez les ruminants
La panse est le premier compartiment du système digestif des ruminants. La nourriture s’y trouve au contact d’une flore digestive constituée de milliards de bactéries commensales qui digèrent la cellulose. La rumination est un processus qui ramène les aliments plusieurs fois dans la bouche afin d’y être remâchés pour faciliter le travail des enzymes des différents microorganismes présents dans le système digestif.
Voir : celluloseplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcellulose
Molécule de taille importante, formant des fibres qui résultent de la polymérisation (addition de molécules) d’un glucide simple (glucose), et entrant dans la composition des parois des cellules végétales., commensalismeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcommensalisme
Relation entre deux individus d’espèces différentes, l’un en profitant (logement et/ou nourriture, etc.), l’autre non., enzymeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigenzyme
Catalyseur biologique de nature protéique, produit par les cellules de tout organisme, accélérant les réactions biochimiques du métabolisme., système digestif.
Microbiote chez les plantes
Les microorganismes présents dans la rhizosphère contribuent de façon importante à la physiologie des plantes en facilitant l’assimilation de l’eau et des sels minéraux.
Dans le cas des légumineuses, il faut signaler les bactéries présentes dans leurs nodosités racinaires, bénéficient de sucres produits par la plante, mais, en retour, elles apportent à celle-ci de l’ammoniac (NH3) utile à la plante pour la synthèse des acides aminés. En effet, les bactéries présentes dans les nodosités peuvent convertir l’azote atmosphérique (N2) en ammoniac, ce que les plantes ne peuvent pas faire. C’est une symbiose.
Voir : ammoniacplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigammoniac
Molécule composée d’un atome d’azote (N) et de trois atomes d’hydrogène (H), de formule chimique NH3, existant à l’état gazeux dans les conditions de température et de pression qui règnent sur Terre., azoteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigazote
Élément chimique de symbole N, ou nom donné ordinairement au gaz (N2), corps simple dont les molécules sont constituées de deux atomes (diazote)., nodositéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bignodosité
Chez les légumineuses, hypertrophie racinaire résultant de l’association symbiotique d’une bactérie du genre Rhizobium et d’une radicelle, siège de la fixation de l’azote atmosphérique., sel minéralplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsel minéral [alias]
Voir : élément minéral., sucreplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsucre [alias]
Voir : glucide..
Diversité des génomes d’un microbiote
Chez l’homme, le microbiote intestinal comprend des dizaines de milliers de milliards de bactéries, pour un millier d’espèces différentes. On s’intéresse actuellement au fait que ces populations bactériennes représentent un nombre de gènes des centaines de fois supérieur à celui du génome humain et que la flore intestinale serait même capable d’intervenir dans l’expression des gènes de l’organisme-hôte. À propos de cet ensemble de gènes procaryotiques, on parle de métagénome.
Au sein du microbiote, outre les bactéries, il y a les virus bactériens qui peuvent modifier le patrimoine génétique des bactéries intestinales ou leur expression. Il faut également tenir compte du microbiote fongique (champignons microscopiques).
Voir : bactérieplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbactérie
Microorganisme unicellulaire (de 1 à quelques micromètres) ne possédant pas de noyau véritable (procaryote), ni d’autres organites., gèneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_biggène
Structure d’ordre moléculaire de l’ADN, contrôlant un caractère héréditaire particulier., génomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_biggénome
Ensemble des gènes portés par les molécules d’ADN du noyau (génome nucléaire), des mitochondries (génome mitochondrial) et des chloroplastes (génome chloroplastique), les molécules d’ADN des bactéries, ou par les acides nucléiques viraux (ARN ou ADN)., métagénomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmétagénome
Ensemble des génomes des populations de micro-organismes d’un milieu particulier., procaryoteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigprocaryote
Organisme généralement unicellulaire, dont le matériel génétique est constitué d’ADN, mais sans existence d’un noyau..
Thérapeutique
Un certain nombre de méthodes thérapeutiques sont à l’étude pour agir sur la biodiversité du microbiote intestinal par une meilleure connaissance des mécanismes symbiotiques en jeu. Les progrès dans ce domaine influeront sur les pratiques nutritionnelles et aussi les traitements classiques. Les pistes thérapeutiques envisagées sont :
- l’alimentation : le choix des aliments permettrait de favoriser le développement de bactéries bénéfiques pour le système digestif ;
- les probiotiques, micro-organismes vivants, non pathogènes, bénéfiques pour la flore intestinale ;
- les prébiotiques, composants alimentaires non digestibles, favorisant l’activité du microbiote ;
- des traitements antibiotiques ponctuels ciblant les bactéries impliquées dans la maladie à traiter ;
- l’implantation d’un microbiote normal chez un patient malade.
Voir : biodiversitéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbiodiversité
Diversité du monde vivant s’exprimant par la richesse en espèces, la diversité des individus d’une même espèce et la diversité des écosystèmes., prébiotiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigprébiotique
Ingrédient alimentaire non digestible exerçant une action bénéfique sur la santé en stimulant sélectivement certaines bactéries intestinales., probiotiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigprobiotique
Micro-organisme vivant, non pathogène, ayant un effet positif sur la santé, pouvant être apporté par les aliments..
Réflexion pédagogique
Certains auteurs ont comparé, de façon abusive, le microbiote intestinal comme un nouvel «organe» extériorisé, situé dans l’organisme hôte. C’est sans doute encore plus exagéré pour ceux qui parlent d’un nouveau «cerveau». En effet, on peut noter qu’un organe est fait de cellules ayant le même génome, alors que le microbiote en rassemble un très grand nombre. Il faut donc se garder de ce genre d’analogie.
De même, en raison de l’importance symbiotique des microbiotes (intestinal ou non), certains qualifient le microbiote intestinal d’organe symbiotique. Nous ferons la même remarque que ci-dessus.
Par contre, d’autres auteurs qualifient le système nerveux entérique de «deuxième cerveau», l’image est alors intéressante, le système nerveux qui régit l’intestin contenant à lui seul 200 millions de neurones. L’importance pour l’organisme de cette partie du système nerveux explique l’impact que peut avoir le microbiote sur le cerveau lui-même.
Voir : celluleplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcellule
Unité biologique de base de tout organisme, réduite à elle-même chez les protozoaires et les protophytes, ou associée à d’autres ayant la même structure et la même fonction pour constituer un tissu, chez les pluricellulaires végétaux comme animaux., organeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigorgane
Unité morphologique d’un organisme, constituée de différents tissus aux fonctions diverses., système nerveuxplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsystème nerveux
Chez un organisme animal, ensemble de structures biologiques qui, prenant en compte les signaux venant des milieux extérieur et intérieur à l’organisme, permet la coordination et la commande des différents organes..
Notion d’holobionte
La notion d’holobionte désigne l’entité vivante naturelle constituée d’un organisme (animal ou plante) et de son microbiote (pas seulement entérique). On se reportera à cette entrée.
Voir : holobionteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigholobionte
Entité vivante naturelle, constituée d’un organisme (animal ou plante) et de son microbiote (bactéries, virus, archées, protistes et champignons microscopiques)..
Remarque linguistique et/ou historique
Microbiome, métagénome
Si pour tous, le microbiote est l’ensemble des micro-organismes vivant dans un milieu particulier, certains auteurs ne font pas de différence entre microbiote et microbiome, et pour d’autres encore le microbiome est le milieu où vit un microbiote.
Mais les anglais désignent par microbiome l’ensemble des gènes d’un microbiote.
Remarquons aussi que la métagénomique est l’étude du contenu génétique d’échantillons issus d’environnements complexes, donc l’étude de l’ensemble des génomes d’un microbiote.
L’affaire est pédagogiquement complexe ! Pour notre part, en attendant que les définitions se cristallisent, nous retiendrons pour ce glossaire, les définitions suivantes :
- microbiote : ensemble des micro-organismes vivant dans un milieu particulier ;
- microbiome : milieu où vit un microbiote ;
- métagénome : ensemble des génomes d’un microbiote ; définition qui est la définition anglaise du microbiome.
Voir : métagénomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmétagénome
Ensemble des génomes des populations de micro-organismes d’un milieu particulier., métagénomiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmétagénomique
Méthode visant à l’étude génétique de l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons, plancton, etc.) vivants dans un environnement spécifique (intestin, milieux marin et eau douce, sols, air, etc.)..
Rappel sur le sens de biome !
En outre, rappelons que le biome est un ensemble biologique complexe de grande étendue, constitué de plusieurs biocénoses. Cette proximité sémantique est un inconvénient, mais, peut-être, peut-on estimer que le microbiome est la limite microscopique d’un biome ?
Voir : biocénoseplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbiocénose
Ensemble de tous les organismes vivant au sein d’un écosystème, qui ont de multiples relations inter- et intraspécifiques., biomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbiome
Ensemble biologique complexe de grande étendue, constitué de plusieurs biocénoses : phytocénoses (végétaux), zoocénoses (animaux), microcénoses (micro-organismes), mycocénoses (champignons)..