Table des matières
matière organique
Définition
Matière synthétisée par les êtres vivants.
e. f.
Voir : être vivantplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigêtre vivant
Entité formée d’une ou plusieurs cellules, qui dès son début d’existence possède un métabolisme qui lui permet d’être actif ; sa mort le rend inactif (inerte)..
Informations complémentaires
Matière organique, composé organique, molécule organique
La matière organique provient d’organismes vivants ; elle est la source de composés à base de carbone, dits composés organiques.
Rappelons qu’un composé est une espèce chimique constituée d’au moins deux éléments chimiques différents.
La matière organique est faite de molécules produites par le monde vivant, contenant une forte proportion de carbone : alcools, glucides, lipides, protéines, acides nucléiques, acides aminés. Dans l’air, les sols et l’eau, le carbone se trouve en quantités très faibles, nettement inférieures à 1 %. La rubrique suivante (« Fixation du carbone organique ») esquisse le processus conduisant à des molécules riches en carbone.
Voir : acide aminéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigacide aminé
Molécule organique possédant une fonction amine (NH2) et une fonction acide (COOH) portées par le même atome de carbone., acide nucléiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigacide nucléique
Molécule organique (ADN, ARN) jouant un rôle fondamental dans l’information génétique., airplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigair
Fluide gazeux complexe dont la masse forme l’atmosphère., alcoolplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigalcool
Molécule organique dont la formule générale est CnH2n+1OH, la fonction alcool correspondant au (-OH) de la formule., carboneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcarbone
Élément chimique de symbole C se présentant sous forme de corps simples, purs, cristallisés (diamant, graphite) ou non (fullerènes)., eauplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigeau
Substance chimique dont la molécule (H2O) qui, par ses caractéristiques physico-chimiques, possède de multiples fonctions tant dans le monde vivant que dans le monde inerte., glucideplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigglucide
Ensemble de sucres simples comme le glucose (ose), et de sucres faits de plusieurs molécules de sucres simples, comme l’amidon et le glycogène (osides), de formule générale Cn (H2O)m., lipideplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_biglipide
Corps gras produit par les organismes vivants, se rencontrant principalement sous forme d’huile, de graisse ou de cire., moléculeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmolécule
Association d’un nombre fini d’atomes liés entre eux par des liaisons en général covalentes et parfois ioniques., monde vivantplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmonde vivant
Ensemble des êtres vivants en interaction avec la matière et l’énergie constituant leur environnement., protéineplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigprotéine
Substance organique résultant de la polymérisation de très nombreux acides aminés., solplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsol
Partie superficielle émergée de l’écorce terrestre, plus ou moins meuble, de structure et de qualité variable, cultivée ou non..
Orientation spatiale des molécules organiques
En 1848 Louis Pasteur établit la dissymétrie moléculaire, appelée plus tard« chiralité » par Lord Kelvin en 1894. Depuis, on sait que, les acides aminés produits par le vivant (et non par synthèse artificielle), ont tous la forme L et, pareillement, les glucides simples, la forme D. Par contre, pour les premiers et les seconds, par les synthèses artificielles, on obtient autant de formes de molécules droites que gauches ; ce sont des mélanges dits racémiques. Autre exemple, la vitamine C n’est assimilée par l’organisme que sous la forme L. Les deux formes sont dites antipodes l’une de l’autre.
En parlant du fait que les organismes synthétisent une seule forme d’une substance à molécules dissymétriques, L. Pasteur disait : « Ce grand caractère…établit peut-être la seule ligne de démarcation bien tranchée que l’on puisse placer aujourd’hui entre la chimie de la nature morte et la chimie de la nature vivante. ».
Les spécialistes s’accordent à dire que cette particularité, le fait qu’il n’y ait qu’une forme par type de molécule, c’est-à-dire une seule option spatiale, a permis l’émergence de formes vivantes complexes.
Voir : vitamineplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigvitamine
Molécule organique, sans valeur énergétique, indispensable à l’équilibre physiologique de certains organismes..
Approche pédagogique
Pour aborder cette notion, on peut prendre l’image inversée de la main droite qui est identique à la main gauche. Nos deux mains ne peuvent être superposées car elles diffèrent par leur orientation spatiale.
Fixation du carbone organique
Le carbone de la matière vivante provient du dioxyde de carbone (CO2), soit atmosphérique pour les organismes exposés à l’air, soit dissous dans l’eau pour les organismes aquatiques.
La fixation du carbone du CO2 atmosphérique se fait à la suite de la réduction des molécules de ce gaz en glucides, au cours de la photosynthèse. Chez d’autres organismes (bactéries du sol, des fonds vaseux et des sources hydrothermales des abysses), cette réduction peut être réalisée par une autre voie biochimique, la chimiosynthèse. Tous ces organismes sont des producteurs primaires.
Voir : bactérieplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbactérie
Microorganisme unicellulaire (de 1 à quelques micromètres) ne possédant pas de noyau véritable (procaryote), ni d’autres organites., chimiosynthèseplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigchimiosynthèse
Synthèse de matière organique, chez certains procaryotes dépourvus de photorécepteurs, l’énergie nécessaire aux synthèses organiques venant de l’oxydation de substrats minéraux., dioxyde de carboneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdioxyde de carbone
Corps composé, formé de l’association d’un atome de carbone (C) avec deux atomes d’oxygène (O), gazeux dans les conditions de température et de pression régnant sur Terre., organismeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigorganisme
Entité vivante possédant une unité d’organisation et de fonctionnement., photosynthèseplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigphotosynthèse
Fonction de tous les organismes chlorophylliens assurant la synthèse des glucides, à partir d’eau et de dioxyde de carbone (CO2), avec la lumière pour source d’énergie., producteur primaireplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigproducteur primaire [alias]
Voir : producteur., réductionplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigréduction
Réaction au cours de laquelle un corps chimique (atome ou molécule) reçoit un ou plusieurs électrons. Ce gain peut être combiné à celui de protons (H+). Classiquement, la perte d’oxygène par un composé chimique est aussi un cas de réduction..
Dégradation de la matière organique
Le processus de décomposition d’un organisme, d’un organe, d’un tissu ou d’une cellule commence à leur mort, par l’action des détritivores (charognards, saprophages, coprophages), qui réduisent en petits fragments la nourriture qu’ils consomment, rejetant avec les excréments, de la matière organique partiellement dégradée. Des micro-organismes (bactéries, champignons et algues) poursuivent la décomposition de la matière organique subsistante, jusqu’à ce qu’elle soit transformée en corps chimiques simples non organiques, minéraux ou gazeux n’appartenant.
Voir : charognardplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcharognard
Animal sauvage qui se nourrit d’animaux morts (charognes) qu’il n’a pas tué lui-même., coprophageplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcoprophage
Animal qui se nourrit d’excréments., décomposeurplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdécomposeur
Organisme se nourrissant de détritus organiques (débris végétaux et fungiques, cadavres ou excréments), participant à la chaîne des dégradations de la matière organique., détritivoreplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdétritivore
Organisme se nourrissant de détritus organiques qu’il dégrade (débris végétaux, cadavres), les transformant en matière plus simple dont peuvent se nourrir les décomposeurs participant au même réseau trophique., micro-organismeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmicro-organisme [alias]
Voir : microorganisme., nourritureplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bignourriture [alias]
Voir : aliment., organeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigorgane
Unité morphologique d’un organisme, constituée de différents tissus aux fonctions diverses., saprophageplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsaprophage
Animal se nourrissant de restes d’organismes morts et/ou d’excréments., tissuplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigtissu
Association de cellules différenciées ayant sensiblement la même forme, la même taille et remplissant la même fonction..
Cycle de la matière
Dans chaque écosystème, l’ensemble de ces transformations et des déplacements de matière organique et non organique correspond à ce qui est appelé, d’une façon générale, le cycle de la matière.
Voir : cycle de la matièreplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcycle de la matière
Échanges permanents et répétitifs des éléments chimiques qui entrent dans la constitution de la matière organique, produisant pour chacun d’eux un flux constant entre l’atmosphère, l’hydrosphère, la lithosphère et le monde vivant., écosystèmeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigécosystème
Ensemble fonctionnel (système) formé d’une biocénose (communauté d’êtres vivants) et du biotope (milieu : eau, sol, et atmosphère)..
« Soupe primordiale »
Aujourd’hui, on ne sait pas comment, il y a 3,5 à 3,8 milliards d’années, la matière non organique (matière inorganique) a commencé à remplir des fonctions biologiques, c’est-à-dire, comment il y a eu ce changement radical de la chimie prébiotique, à la chimie du vivant.
Pour le comprendre, des expériences tentent de produire des « soupes primordiales » offrant les conditions d’une évolution artificielle, c’est-à-dire les conditions dans lesquelles des réactions chimiques conduiraient à l’empilement des éléments constitutifs de la vie au cours des toutes premières réactions métaboliques.
Voir : matière inorganiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmatière inorganique
Substance complexe ou simple molécule, non produite par le monde vivant., métabolismeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmétabolisme
Ensemble des réactions physico-chimiques fournissant aux organismes l’énergie et la matière organique nécessaires au fonctionnement cellulaire..
Réflexion pédagogique
Matière organique, matière inorganique, minéralisation
Durant la décomposition de la matière organique, certains produits de la décomposition sont des gaz (donc, formellement, ne sont pas des minéraux), en particulier : méthane (CH4), hydrogène sulfuré (H2S) et dioxyde de carbone (CO2). Il est donc curieux que l’on parle de minéralisation de la matière organique, mais c’est l’usage !
Voir : méthaneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigméthane
Corps composé, dont les molécules sont formées de l’association d’un atome de carbone et de quatre atomes d’hydrogène (de formule CH4), gazeux dans les conditions de température et de pression qui règnent sur Terre., hydrogène sulfuréplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bighydrogène sulfuré
Corps composé, formé de l’association de deux atomes d’hydrogène (H) avec un atome de soufre (S), gazeux., minéralplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigminéral
Le terme minéral est également utilisé comme adjectif, avec un sens différent du substantif «minéral» envisagé plus haut., minéralisationplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigminéralisation
Remplacement des tissus vivants par des substances minérales dans une roche sédimentaire..
Matière organique vivante, matière organique morte
Les documents pédagogiques, dans le domaine des SVT, utilisent les notions de matière organique « vivante » et de matière organique « morte », la première étant consommée par les consommateurs primaires, secondaires et les suivants, alors que la matière morte est consommée par les décomposeurs. Cette nuance est pratique, même si elle pose des questions sur ce que l’on entend par mort et vivant !.
Voir : consommateurplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigconsommateur
Être vivant devant utiliser la matière organique d’autres organismes vivants ou morts pour assurer son propre métabolisme..
Matière organique et inorganique
De façon naturelle, les molécules contenant une forte proportion de carbone (alcools, glucides, hydrocarbures, lipides, protéines, acides nucléiques, etc.) ne sont produites que par des organismes vivants. Ces molécules forment la matière organique. C’est pourquoi on en recherche les traces dans l’univers, afin de savoir si la vie existe (ou a existé) ailleurs que sur Terre. C’est l’un des objets d’étude de l’exobiologie.
Matière inorganique, par son étymologie, se définit de façon négative. On peut dire aussi, qu’elle n’est pas synthétisée par les êtres vivants et qu’elle existe en dehors de tout organisme ou partie d’organisme.
Richesse ou pauvreté en carbone
Ensuite, comme nous l’avons vu ailleurs, les molécules inorganiques qui constituent la croûte terrestre, l’eau de mer, et l’atmosphère sont pauvres en carbone, alors que la matière organique est constituée essentiellement de molécules qui en sont riches. Les différences de proportions des éléments chimiques (en pourcentage du nombre d’atomes), entre matière organique et matière inorganique sont nombreuses. Les données ci-dessous comparent les teneurs en carbone, oxygène hydrogène et azote de la matière végétale, du corps humain et du globe terrestre (ensemble des enveloppes) :
- carbone : matière végétale (27,9 %), corps humain (12,8 %), globe terrestre (0,02 %) ;
- oxygène : matière végétale (21,9 %), corps humain (24,1 %), globe terrestre (48,8 %) ;
- hydrogène : matière végétale (47,9 %), corps humain (61 %), globe terrestre (0,2 %) ;
- azote : matière végétale (1,1 %), corps humain (1,4 %), globe terrestre (0,004 %).
On constate que les éléments chimiques dont les pourcentages (en nombre d’atomes) sont supérieurs à 1 %, sont :
- pour la matière organique : H, C, O, et N ;
- pour la matière inorganique (globe terrestre) : O, Mg, Fe, Si, S, et Al.
Seul l’oxygène est en forte proportion dans les deux cas. En outre, l’azote reste peu présent dans la matière organique (entre 1 et 2 %), même s’il l’est 300 fois plus que dans le cas du globe terrestre. En outre, l’hydrogène est en forte proportion dans l’eau (H2O).
Voir : matière organique.
Chimies organique et inorganique
Chimie organique
Chimie relative aux composés riches en atomes de carbone, c’est-à-dire relative aux molécules organiques.
Chimie minérale ou chimie inorganique
Partie de la chimie traitant de ce qui n’est pas organique. Elle considère essentiellement des composés qui ne contiennent pas de carbone. Toutefois, on y ajoute le monoxyde (CO) et le dioxyde de carbone (CO2), les carbonates renfermant l’ion CO32-, ainsi que le carbone lui-même (élément chimique pur).
Voir : dioxyde de carboneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdioxyde de carbone
Corps composé, formé de l’association d’un atome de carbone (C) avec deux atomes d’oxygène (O), gazeux dans les conditions de température et de pression régnant sur Terre., monoxyde de carboneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmonoxyde de carbone
Corps composé, gazeux dans les conditions de température et de pression qui règnent sur Terre, incolore, inodore et peu soluble dans l’eau..
Remarque linguistique et/ou historique
La rubrique « Remarque pédagogique » de l’entrée « monde vivant » propose une discussion autour des concepts monde vivant, monde inerte, monde minéral.
Voir : monde vivantplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmonde vivant
Ensemble des êtres vivants en interaction avec la matière et l’énergie constituant leur environnement..
Matière organique et biomasse
On se reportera à la réflexion pédagogique sur ces deux concepts qui est proposée avec l’entrée « biomasse ».
Voir : biomasseplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbiomasse
Masse de l’ensemble des êtres vivants présents dans un espace déterminé, à un moment donné..