variant

Définition

Biologie, épidémiologie

Cellule présentant un nouveau caractère, suite à l’apparition d’une modification dans son génome (mutation).

n. m. (lat. variatio).

Voir : caractèreplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcaractère

Toute propriété (morphologique, biochimique, physiologique, etc.) d’une cellule ou d’un organisme, mais aussi propriété psychologique dans le cas d’un être humain., celluleplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcellule

Unité biologique de base de tout organisme, réduite à elle-même chez les protozoaires et les protophytes, ou associée à d’autres ayant la même structure et la même fonction pour constituer un tissu, chez les pluricellulaires végétaux comme animaux., génomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_biggénome

Ensemble des gènes portés par les molécules d’ADN du noyau (génome nucléaire), des mitochondries (génome mitochondrial) et des chloroplastes (génome chloroplastique), les molécules d’ADN des bactéries, ou par les acides nucléiques viraux (ARN ou ADN)., mutationplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmutation

Modification d’une partie du matériel génétique (ADN), aboutissant au changement de l’état d’un caractère héréditaire..

Informations complémentaires

Chez les organismes unicellulaires (bactéries, virus, levures, etc.), une mutation entraîne l’émergence d’une cellule (l’organisme variant) dont le génome est légèrement différent de la cellule qui a muté. La multiplication du variant entraine le développement d’une souche de cellules qui sont des variants possédant un ou des caractères nouveaux.

Les variations génétiques conduisant aux variants chez des espèces déjà pathogènes, peuvent (ou non) conférer une plus grande contagiosité, une virulence accrue, une résistance aux traitements, ou aux mécanismes de défense de l’organisme attaqué. Le cumul de toutes ces variations étant très rare, voire quasiment impossible en termes de probabilité.

Voir : bactérieplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbactérie

Microorganisme unicellulaire (de 1 à quelques micromètres) ne possédant pas de noyau véritable (procaryote), ni d’autres organites., biodiversitéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigbiodiversité

Diversité du monde vivant s’exprimant par la richesse en espèces, la diversité des individus d’une même espèce et la diversité des écosystèmes., contagiositéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcontagiosité

Se dit de la capacité d’un malade et de sa maladie, à se transmettre à un individu sain, de façon directe ou indirecte., espèceplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigespèce

Ensemble d’individus se ressemblant plus entre eux qu’à aucun autre, capables de produire une descendance fertile par reproduction sexuée., organismeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigorganisme

Entité vivante possédant une unité d’organisation et de fonctionnement., pathogèneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigpathogène

Se dit d’agents pouvant provoquer une maladie : virus, bactéries, champignons, protozoaires, et autres parasites, mais aussi agents chimiques (nicotine, mercure) ou physiques (rayonnements nucléaires)., résistanceplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigrésistance

Capacité d’un organisme à s’opposer à un stress, chimique, physique ou biologique., unicellulaireplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigunicellulaire

Entité biologique faite d’une seule cellule., virulenceplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigvirulence

Capacité (et/ou sa vigueur) d’un organisme pathogène (bactérie, virus, parasite) à provoquer une maladie,, virusplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigvirus

Parasite obligatoire de cellules (procaryotes ou eucaryotes), dont la multiplication ne peut s’effectuer qu’au sein d’une cellule-hôte..

Conséquences des mutations sur les propriétés des virus

Tous les virus mutent au fil du temps. Ce sont des erreurs dans la copie du matériel génétique lors de la reproduction du virus. À côté des questions génétiques et biologiques, les erreurs posent des questions de l’ordre des probabilités (par exemple, pourquoi plus une épidémie progresse, plus le nombre de variants potentiels est grand ?).

Les mutations modifient les protéines qui influent sur la capacité de transmission, la vitesse de réplication ou encore les capacités du virus à contourner notre système immunitaire. Certaines de ces mutations sont telles, que les variants qui en bénéficient sont avantagés et se répandent plus facilement dans la population, mais la plupart des mutations n’ont que peu ou pas d’incidence sur les propriétés du virus.

Il faut signaler aussi que des systèmes naturels de correction des erreurs existent (le Sars-Cov-2, responsable du Covid-19, en est équipé). Ils ralentissent la vitesse à laquelle les erreurs sont maintenues. Le rythme des erreurs conservées est deux fois moins rapide chez le Sars-Cov-2 que pour celui de la grippe, et quatre fois moins élevé qu’avec le virus du VIH.

Voir : Covid-19plugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigCovid-19

Maladie émergente ayant pris naissance en Chine en 2019, provoquée par un corona virus, et responsable d’une pandémie., protéineplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigprotéine

Substance organique résultant de la polymérisation de très nombreux acides aminés., système immunitaireplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsystème immunitaire

Ensemble de moyens de défense d’un organisme contre toute intrusion, dans son milieu intérieur, de substances organiques étrangères ou d’organismes pathogènes (bactéries et virus)., VIHplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigVIH [alias]

Voir : virus..

Suivi des mutations

Cependant, certaines mutations peuvent affecter les propriétés du virus et influer, par exemple, sur :

la transmissibilité : la facilité avec laquelle il se propage ;
la gravité de la maladie qu’il entraîne ;
l’échappement immunitaire, l’efficacité des vaccins, des médicaments, des outils de diagnostic ou des autres mesures sociales et de santé publique.

Voir : échappement immunitaireplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigéchappement immunitaire

Situation épidémiologique créée lorsque les sérums et vaccins utilisés contre un agent infectieux (virus, par exemple) ne peuvent plus le combattre efficacement., vaccinplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigvaccin

Préparation qui, inoculée à un individu sain, stimule son système immunitaire et lui confère une immunité contre un antigène, qu’il soit moléculaire (protéine, par exemple), viral, bactérien, ou cellulaire..

Classification des mutations

Divers systèmes sont développés pour détecter d’éventuels variants et les évaluer en fonction du risque pour la santé publique mondiale. À l’échelle mondiale, c’est le Groupe consultatif technique sur l’évolution virale de l’OMS qui fait autorité.

On dispose d’une classification à trois niveaux pour les variants du SARS-CoV-2. Toutefois, les transitions entre ces niveaux sont délicates à apprécier.

Voir : OMSplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigOMS [alias]

Voir : Organisation mondiale de la santé..

Les variants d'intérêt (dits aussi : variants à suivre)

Cette catégorie se caractérisent par des modifications génétiques dont on sait qu’elles affectent ou dont on prévoit qu’elles affecteront les caractéristiques du virus pouvant causer une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers (clusters) de COVID-19, dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu’une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d’autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale.

Voir : clusterplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigcluster

Terme anglais signifiant groupe, couramment utilisé, y compris en français, pour les foyers de contamination., taux de prévalenceplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigtaux de prévalence

Nombre de personnes malades dans une population à risque, à un moment donné..

Les variants préoccupants

Aux caractéristiques des variants d’intérêt sont ajoutés :

l’augmentation de la transmissibilité ;
l’augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ;
la diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.

Les variants à haut risque

À l’automne 2021 aucun variant de ce type n’a encore été détecté dans le cas du SARS-Cov-2. Pour cette catégorie, il faut y ajouter par rapport aux catégories précédentes :

l’échec des diagnostics ;
une réduction significative de l’effet des vaccins, une résistance plus élevée aux traitements thérapeutiques ;
des cas de maladies plus graves, avec un nombre accru d’hospitalisations.

Nomination des variants

À l’heure actuelle, pour rendre la communication sur les variants plus accessible à un public non scientifique, ils sont nommés par des lettres de l’alphabet grec (alpha, bêta, gamma, delta…). Une fois l’alphabet grec épuisé, l’Organisation mondiale de la santé pourrait utiliser des noms d’étoiles ou de constellations.