La définition de l’habitat est l’objet de nombreuses discussions chez les écologistes. Une des difficultés vient de la proximité conceptuelle de la notion d’habitat avec d’autres notions come celles de niche écologique, de biotope et d’écosystème.

D’une façon générale, sans entrer dans le débat, un habitat naturel se caractérise par sa faune et sa flore, son climat, son altitude, sa géologie, sa pédologie et les activités humaines qui l’impactent, mais c’est la végétation qui constitue l’approche immédiatement perceptible et qui est celle qui intègre l’ensemble des conditions écologiques qui définissent l’habitat. S’agit-il d’une prairie, d’une forêt ? Par exemple, s’il s’agit d’une forêt, on peut être tenté d’être plus précis : forêt de feuillus ou forêt de résineux, et, s’il s’agit d’une forêt de feuillus, on précisera : châtaigneraie, chênaie, etc.

En outre, plus un milieu est hétérogène plus il abrite des habitats différents. Précisons aussi que les habitats sont imbriqués les uns dans les autres, en ce sens que certains habitats sont suffisamment englobant (une forêt, par exemple) pour contenir des microhabitats (une branche, l’écorce d’un arbre, etc.).

Remarquons aussi qu’un habitat déterminé concerne seulement une espèce ou une population d’une espèce, alors que le biotope englobe toute une communauté biologique, c’est-à-dire une biocénose.

La fragmentation d’un habitat est le processus par lequel il est converti en plusieurs fragments, séparés les uns des autres, suite à un changement d’usage des terres (urbanisation, aménagement du territoire, conversion en terres agricoles, etc.). La conséquence est une perte de continuité écologique entre les îlots formés (on parle aussi de perte de connectivité).

La fragmentation des habitats constitue la principale cause d’extinction des espèces dans le monde. En effet, les populations n’ayant plus la possibilité de circuler librement (on parle de dispersion pour les plantes), elles ne peuvent plus accéder aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation et/ou leur abri.

On peut remarquer aussi que les espèces ayant besoin de grands espaces sont bien sûr rapidement impactées.

Cet impact de la fragmentation des habitats sur la biodiversité est la justification des actions pour les réseaux de la Trame verte et bleue (TVB) et de la Trame noire.

Selon la dépendance à l’égard du type de ressources ou d’habitat, on distingue des espèces dites « spécialistes » ou « généralistes ».

Une espèce est appelée «spécialiste» lorsqu’elle utilise un seul type de ressources ou d’habitat, ce qui la rend très dépendante à leur égard. Elle est donc très sensible aux perturbations de sa ressource et/ou de son habitat, et aussi, d’une façon plus générale, des conditions environnementales.

Le cas du koala est bien connu, il ne mange que de l’eucalyptus. Mais il y a des exemples qui nous sont plus familiers : l’alouette des champs, ou encore le pic épeiche.

Les espèces généralistes peuvent survivre dans une  grande variété d’habitats, et utilisent une plus grande diversité de ressources. Elles sont donc bien plus tolérantes aux changements que les espèces spécialistes.

Comme il y a beaucoup moins d’espèces généralistes que d’espèces spécialistes, l’appauvrissement de la faune et de la flore est très sensible aujourd’hui. Cette tendance conduit à une uniformisation des espèces, les généralistes pouvant couvrir de nombreux territoires.

Les espèces généralistes nous sont donc plus familières. Ce sont par exemple : les pigeons, le merle ou les pies.

La destruction des habitats est une menace majeure pour la biodiversité. La liste est longue : étalement urbain, intensification agricole, abandon de terres et gestion intensive des forêts.

La Commission européenne a adopté, en 1992, la directive européenne « habitat – faune - flore », qui a conduit à la création du réseau Natura 2000, ayant pour objectif la conservation des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvages.

L’étymologie définit l’écologie comme la science de l’habitat (gr. oikos, maison, habitat, famille et logos, science), mais le concept d’écologie est plus riche que l’idée que l’on se fait communément de l’habitat, puisqu’il s’agit de la science des relations des êtres vivants entre eux et avec leur milieu et donc la science des écosystèmes.