pangénome

Définition

Catalogue complet de la diversité génétique d’une espèce.

n. m. (gr. pân, tout, et génome).

Voir : diversité génétiqueplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigdiversité génétique [alias]

Voir : biodiversité., espèceplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigespèce

Ensemble d’individus se ressemblant plus entre eux qu’à aucun autre, capables de produire une descendance fertile par reproduction sexuée., génomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_biggénome

Ensemble des gènes portés par les molécules d’ADN du noyau (génome nucléaire), des mitochondries (génome mitochondrial) et des chloroplastes (génome chloroplastique), les molécules d’ADN des bactéries, ou par les acides nucléiques viraux (ARN ou ADN)..

Informations complémentaires

Le pangénome comprend le génome «de base» contenant les gènes commun à tous les individus, souches, variétés, races, d’une espèce et le génome accessoire, correspondant à des « gènes spécifiques » d’environnements particuliers, et à des «gènes uniques», présents dans un ou plusieurs individus seulement.

Le pangénome contient le même nombre de gènes qu’un génome individuel, mais il donne les différents allèles connus des gènes.

Le pangénome de référence permet d’identifier :

les variations génomiques importantes au sein d’une espèce, en particulier en termes d’évolution, et d’adaptation aux contraintes du milieu ;
le réservoir de gènes disponibles pour l’amélioration des espèces (espèces cultivées et animaux d’élevage) ;
les gènes pouvant expliquer une maladie.

Voir : adaptationplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigadaptation

Transformation des modes de vie et de l’organisation d’une société, répondant à une perturbation de celle-ci., allèleplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigallèle

Une des différentes formes d’un même gène., gèneplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_biggène

Structure d’ordre moléculaire de l’ADN, contrôlant un caractère héréditaire particulier., raceplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigrace

Sous-division de l’espèce ou de la sous-espèce, constituée d’un groupe naturel d’individus présentant un ensemble de caractères héréditaires communs., souche cellulaireplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigsouche cellulaire

Ensemble de cellules conservées en milieux artificiels pour servir de base à la production de nouvelles populations cellulaires qui leur sont identiques génétiquement., variétéplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigvariété

Sous-division de l’espèce ou de la sous-espèce, constituée d’un groupe naturel d’individus présentant un ensemble de caractères communs..

Pangénomes non humains

Ce n’est que ces dernières années, que l’établissement de génomes de référence est devenu moins fastidieux et moins coûteux. Ce qui explique que, jusque là, les scientifiques se concentraient sur les génomes humains et les organismes utilisés comme modèles expérimentaux.

Des machines de séquençage rapides, des algorithmes qui assemblent les lectures de séquences d’ADN en chromosomes complets, des puissances de calcul beaucoup plus grande, ont permis l’établissement de génomes de référence pour d’autres espèces que l’homme.

Des pangénomes d’espèces procaryotes du microbiote intestinal humain sont établies.

Voir : microbioteplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmicrobiote

Ensemble de microorganismes (bactéries, virus, champignons non pathogènes, parasites) vivant dans un milieu particulier., séquençage de l’ADNplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigséquençage de l'ADN

Technique consistant à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides de la molécule d’ADN et des gènes sur cette molécule..

Pangénomes et métagénome

Les deux notions ne doivent pas être confondues :

le métagénome : c’est une méthode d’étude du contenu génétique d’échantillons issus d’environnements complexes : intestins, océans, sols, air, etc. ;
le pangénome : c’est un catalogue complet des gènes d’une espèce.

Voir : métagénomeplugin-autotooltip__small plugin-autotooltip__blue plugin-autotooltip_bigmétagénome

Ensemble des génomes des populations de micro-organismes d’un milieu particulier..

Remarque linguistique et/ou historique

Le décodage de l’intégralité du génome humain a commencé en 1989. C’est en 2001 que le « Human Genome Project » publiait la première version du génome humain de référence. Des mises à jour régulières ont été effectuées jusqu’à 2023 avec le premier génome humain complet établi à partir de 47 personnes d’origines diverses. Il était prévu d’atteindre 350 individus en 2024.