Cet organisme fournit des conseils scientifiques sur les risques existants ou émergents liés aux aliments consommés dans l’Union européenne par les hommes ou les animaux d’élevage, mais ce sont la Commission européenne, le Parlement européen et les États membres qui légifèrent.

La création de cet organisme a été largement impulsée par la crise de la «vache folle», dans les années 1990, liée à la consommation par le bétail de farines animales.

C’est avec les inquiétudes suscitées par les révélations des scientifiques sur le glyphosate que le public a appris que l’EFSA, pour sa propre évaluation d’un produit, se basait essentiellement sur les rapports fournis par les industriels, dont l’intérêt premier est d’évacuer les avis négatifs des scientifiques. Ces rapports étant, de plus, protégés par le secret commercial, personne, en dehors de l’Efsa, n’était en mesure de juger de l’innocuité ou non, de tel ou tel produit, et en l’occurrence du glyphosate.