Au cours du Carbonifère des végétaux terrestres se sont développés (Ptéridophytes arborescents, abondants à cette époque), ayant donné ultérieurement d’importants dépôts de houille par minéralisation.

C’est cette période qui fut la plus favorable à la formation du charbon, mais des quantités moindres se sont formées ultérieurement, au Permien (entre - 290 et - 250 Ma), et au Mésozoïque (entre - 250 et - 65 Ma), qui est l’ère secondaire. Plus tard encore, au Tertiaire (-65 Ma, à – 2,6 Ma), se forment des lignites, charbons de moins bonne qualité, dont la teneur en carbone est plus faible, et qui contiennent encore beaucoup de matières volatiles (bitumes et résidus ligneux). Néanmoins, on trouve d’excellents charbons du tertiaire, ayant évolué rapidement par des échauffements dus à la tectonique des plaques. C’est le cas de charbons formés entre 65 et 55 millions d’années (Colombie et Venezuela), ou de charbons de 20 millions d’années (Indonésie).

Les accumulations se sont poursuivies de - 10 000 ans, à nos jours, mais elles ont donné des dépôts très riches en débris (fibres, branches, et racines) : ce sont les tourbes. N’ayant pas été assez enfouies, la houillification (la carbonisation) de ces dépôts ne s’est pas faite, et leur enrichissement en carbone est faible.