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====== microbiote ====== ===== Définition ===== Ensemble de microorganismes (bactéries, virus, champignons non pathogènes, parasites) vivant dans un milieu particulier. **n. m.** (gr. //micro//, petit, et //bios//, vie). **syn. :** voir « Remarque linguistique et/ou historique. **Voir :** [[glossaire:entrees:b:bacterie|bactérie]], [[glossaire:entrees:m:microorganisme|microorganisme]], [[glossaire:entrees:p:parasite|parasite]], [[glossaire:entrees:p:pathogene|pathogène]]. ===== Informations complémentaires ===== Parmi les microbiotes, les plus étudiés sont ceux du système digestif (flore intestinale), de la rhizosphère et, en général, des sols. On se reportera à l’entrée « holobionte » qui traite de l’entité hôte-microbiote. **Voir :** [[glossaire:entrees:h:holobionte|holobionte]], [[glossaire:entrees:r:rhizosphere|rhizosphère]], [[glossaire:entrees:s:sol|sol]], [[glossaire:entrees:s:systeme_digestif|système digestif]]. ==== Microbiote intestinal humain ==== Le microbiote intestinal commence à se former lors l'accouchement, à partir de la flore fécale et vaginale maternelle. Il se diversifie avec le développement de l’enfant et de son contact avec le monde extérieur. Chez les humains, il est principalement localisé dans l'intestin grêle et le colon. === Rôle du microbiote === Les rôles attribués à la flore intestinale sont variés : contribution à la digestion, barrière contre les agressions par des pathogènes externes (renforcement du système immunitaire), production de vitamines essentielles (K et B₁₂), etc. Les résultats montrent que le microbiote pourrait produire des substances ayant une action sur le cerveau, celui-ci ayant inversement une action sur le microbiote. === Déstabilisation du microbiote === Les microbiotes intestinaux forment ainsi des écosystèmes indispensables au bon équilibre des organismes les hébergeant, et que la nature de leurs relations est d'ordre symbiotique. La déstabilisation (appelée dysbiose) de ces écosystèmes par des agents extérieurs (antibiotiques, pesticides), ou un déséquilibre alimentaire, entraîne des pathologies diverses (obésité, diabète, allergie, maladies d’Alzheimer et de Parkinson, cancers, etc.). **Voir :** [[glossaire:entrees:a:allergie|allergie]], [[glossaire:entrees:a:antibiotique|antibiotique]], [[glossaire:entrees:d:diabete|diabète]], [[glossaire:entrees:d:digestion|digestion]], [[glossaire:entrees:e:ecosysteme|écosystème]], [[glossaire:entrees:f:flore|flore]], [[glossaire:entrees:o:obesite|obésité]], [[glossaire:entrees:p:pathogene|pathogène]], [[glossaire:entrees:p:pathologie|pathologie]], [[glossaire:entrees:s:symbiose|symbiose]], [[glossaire:entrees:s:systeme_immunitaire|système immunitaire]], [[glossaire:entrees:t:toxique|toxique]], [[glossaire:entrees:v:vitamine|vitamine]]. ==== Microbiote cutané ==== Le microbiote cutané correspond à la flore microbienne (archées, bactéries, virus, levures), principalement situés en surface de la peau, sur l’épiderme, mais aussi à l’intérieur des glandes sudoripares et des glandes sébacées ainsi que dans la gaine des poils. Il constitue la première barrière du système immunitaire entre l’organisme et l’environnement. Les bactéries commensales de la peau laissent peu de place à d’autres germes, potentiellement pathogènes pour s’implanter, par exemple lors d’une blessure superficielle. Certaines espèces produisent des molécules (peptides ou acides) capables d’inhiber la croissance d’espèces impliquées dans certaines infections cutanées. D’autres peuvent attirer les cellules immunitaires de la peau, renforçant ainsi les autres actions de défense. D’autres encore, présentes sur une plaie superficielle, peuvent favoriser la multiplication des cellules de l’épiderme, accélérant ainsi la réparation de la plaie. **Voir :** [[glossaire:entrees:a:acide|acide]], [[glossaire:entrees:a:archee|archée]], [[glossaire:entrees:e:epiderme_peptide|épiderme peptide]], [[glossaire:entrees:s:sudation_virus|sudation virus]]. ==== Microbiote chez les ruminants ==== La panse est le premier compartiment du système digestif des ruminants. La nourriture s’y trouve au contact d’une flore digestive constituée de milliards de bactéries commensales qui digèrent la cellulose. La rumination est un processus qui ramène les aliments plusieurs fois dans la bouche afin d’y être remâchés pour faciliter le travail des enzymes des différents microorganismes présents dans le système digestif. **Voir :** [[glossaire:entrees:c:cellulose|cellulose]], [[glossaire:entrees:c:commensalisme|commensalisme]], [[glossaire:entrees:e:enzyme|enzyme]], [[glossaire:entrees:s:systeme_digestif|système digestif]]. ==== Microbiote chez les plantes ==== Les microorganismes présents dans la rhizosphère contribuent de façon importante à la physiologie des plantes en facilitant l’assimilation de l’eau et des sels minéraux. Dans le cas des légumineuses, il faut signaler les bactéries présentes dans leurs nodosités racinaires, bénéficient de sucres produits par la plante, mais, en retour, elles apportent à celle-ci de l’ammoniac (NH₃) utile à la plante pour la synthèse des acides aminés. En effet, les bactéries présentes dans les nodosités peuvent convertir l’azote atmosphérique (N₂) en ammoniac, ce que les plantes ne peuvent pas faire. C’est une symbiose. **Voir :** [[glossaire:entrees:a:ammoniac|ammoniac]], [[glossaire:entrees:a:azote|azote]], [[glossaire:entrees:n:nodosite|nodosité]], [[glossaire:entrees:s:sel_mineral|sel minéral]], [[glossaire:entrees:s:sucre|sucre]]. ==== Diversité des génomes d’un microbiote ==== Chez l'homme, le microbiote intestinal comprend des dizaines de milliers de milliards de bactéries, pour un millier d'espèces différentes. On s'intéresse actuellement au fait que ces populations bactériennes représentent un nombre de gènes des centaines de fois supérieur à celui du génome humain et que la flore intestinale serait même capable d'intervenir dans l'expression des gènes de l'organisme-hôte. À propos de cet ensemble de gènes procaryotiques, on parle de métagénome. Au sein du microbiote, outre les bactéries, il y a les virus bactériens qui peuvent modifier le patrimoine génétique des bactéries intestinales ou leur expression. Il faut également tenir compte du microbiote fongique (champignons microscopiques).  **Voir :** [[glossaire:entrees:b:bacterie|bactérie]], [[glossaire:entrees:g:gene|gène]], [[glossaire:entrees:g:genome|génome]], [[glossaire:entrees:m:metagenome|métagénome]], [[glossaire:entrees:p:procaryote|procaryote]]. ==== Thérapeutique ==== Un certain nombre de méthodes thérapeutiques sont à l'étude pour agir sur la biodiversité du microbiote intestinal par une meilleure connaissance des mécanismes symbiotiques en jeu. Les progrès dans ce domaine influeront sur les pratiques nutritionnelles et aussi les traitements classiques. Les pistes thérapeutiques envisagées sont : * l'alimentation : le choix des aliments permettrait de favoriser le développement de bactéries bénéfiques pour le système digestif ; * les probiotiques, micro-organismes vivants, non pathogènes, bénéfiques pour la flore intestinale ; * les prébiotiques, composants alimentaires non digestibles, favorisant l'activité du microbiote ; * des traitements antibiotiques ponctuels ciblant les bactéries impliquées dans la maladie à traiter ; * l'implantation d'un microbiote normal chez un patient malade. **Voir :** [[glossaire:entrees:b:biodiversite|biodiversité]], [[glossaire:entrees:p:prebiotique|prébiotique]], [[glossaire:entrees:p:probiotique|probiotique]]. ===== Réflexion pédagogique ===== Certains auteurs ont comparé, de façon abusive, le microbiote intestinal comme un nouvel «organe» extériorisé, situé dans l’organisme hôte. C'est sans doute encore plus exagéré pour ceux qui parlent d'un nouveau «cerveau». En effet, on peut noter qu'un organe est fait de cellules ayant le même génome, alors que le microbiote en rassemble un très grand nombre. Il faut donc se garder de ce genre d'analogie. De même, en raison de l’importance symbiotique des microbiotes (intestinal ou non), certains qualifient le microbiote intestinal d’organe symbiotique. Nous ferons la même remarque que ci-dessus. Par contre, d'autres auteurs qualifient le système nerveux entérique de «deuxième cerveau», l'image est alors intéressante, le système nerveux qui régit l'intestin contenant à lui seul 200 millions de neurones. L'importance pour l'organisme de cette partie du système nerveux explique l'impact que peut avoir le microbiote sur le cerveau lui-même. **Voir :** [[glossaire:entrees:c:cellule|cellule]], [[glossaire:entrees:o:organe|organe]], [[glossaire:entrees:s:systeme_nerveux|système nerveux]]. ==== Notion d’holobionte ==== La notion d’holobionte désigne l’entité vivante naturelle constituée d'un organisme (animal ou plante) et de son microbiote (pas seulement entérique). On se reportera à cette entrée. **Voir :** [[glossaire:entrees:h:holobionte|holobionte]]. ===== Remarque linguistique et/ou historique ===== ==== Microbiome, métagénome ==== Si pour tous, le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un milieu particulier, certains auteurs ne font pas de différence entre microbiote et microbiome, et pour d’autres encore le microbiome est le milieu où vit un microbiote. Mais les anglais désignent par microbiome l'ensemble des gènes d'un microbiote. Remarquons aussi que la métagénomique est l’étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes, donc l’étude de l'ensemble des génomes d’un microbiote. L’affaire est pédagogiquement complexe ! Pour notre part, en attendant que les définitions se cristallisent, nous retiendrons pour ce glossaire, les définitions suivantes : * microbiote : ensemble des micro-organismes vivant dans un milieu particulier ; * microbiome : milieu où vit un microbiote ; * métagénome : ensemble des génomes d’un microbiote ; définition qui est la définition anglaise du microbiome. **Voir :** [[glossaire:entrees:m:metagenome|métagénome]], [[glossaire:entrees:m:metagenomique|métagénomique]]. ==== Rappel sur le sens de biome ! ==== En outre, rappelons que le biome est un ensemble biologique complexe de grande étendue, constitué de plusieurs biocénoses. Cette proximité sémantique est un inconvénient, mais, peut-être, peut-on estimer que le microbiome est la limite microscopique d’un biome ? **Voir :** [[glossaire:entrees:b:biocenose|biocénose]], [[glossaire:entrees:b:biome|biome]].