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====== génome ======
===== Définition =====
==== Définition originelle ====
Ensemble des gènes nucléaires d’un gamète chez une espèce diploïde.
==== Extension de la définition ====
Ensemble des gènes portés par les molécules d'ADN du noyau (génome nucléaire), des mitochondries (génome mitochondrial) et des chloroplastes (génome chloroplastique), les molécules d'ADN des bactéries, ou par les acides nucléiques viraux (ARN ou ADN).
**n. m.** (gr. //génos//, naissance, origine).
**Voir :** [[glossaire:entrees:a:acide_nucleique|acide nucléique]], [[glossaire:entrees:a:adn|ADN]], [[glossaire:entrees:a:arn|ARN]], [[glossaire:entrees:b:bacterie|bactérie]], [[glossaire:entrees:c:chloroplaste|chloroplaste]], [[glossaire:entrees:d:diploide|diploïde]], [[glossaire:entrees:e:espece|espèce]], [[glossaire:entrees:g:gamete|gamète]], [[glossaire:entrees:g:gene|gène]], [[glossaire:entrees:m:mitochondrie|mitochondrie]], [[glossaire:entrees:n:noyau|noyau]].
===== Informations complémentaires =====
Dans une cellule eucaryote, au génome nucléaire s'ajoutent le génome mitochondrial et le génome chloroplastique chez les végétaux chlorophylliens.
L'ADN bactérien n'est pas contenu dans un noyau et se trouve en contact direct avec le cytoplasme, contrairement aux ADN nucléaires, mitochondriaux et chloroplastiques des cellules eucaryotes, séparés du cytoplasme par des membranes.
Le nombre de gènes varie beaucoup selon les espèces. Il est compris entre 1 000 et 40 000, sans être corrélé à la complexité des organismes, certains unicellulaires possédant en effet un génome contenant plus de gènes que celui de l'homme.
La taille du génome se mesure en nombre de bases (bases des nucléotides) et plutôt en paires de bases (la majorité des génomes étant constituée de doubles brins d'ADN). Avec 150 milliards de paires de bases, //Paris japonica// (espèce octoploïde, 2n = 8x = 40) pourrait posséder le plus grand génome connu, soit près de 50 fois la taille du génome humain.
L'ADN d'un génome est composé de deux parties :
* l'une codante (1,5 % du génome) : c'est cet ADN (celui des gènes) qui est transcrit puis traduit en protéines ;
* l'autre non codante (98,5 %) : on n'en connaît pas précisément la fonction. Une partie au moins influe fortement sur la façon dont les protéines sont produites par la partie codante.
La partie non codante possède des séquences très variables d'un individu à l'autre. C'est pourquoi on peut distinguer des individus d'une même espèce, en réalisant des empreintes génétiques propres à chaque individu.
**Voir :** [[glossaire:entrees:c:chromatide|chromatide]], [[glossaire:entrees:e:empreinte_genetique|empreinte génétique]], [[glossaire:entrees:e:eucaryote|eucaryote]], [[glossaire:entrees:n:nucleotide|nucléotide]], [[glossaire:entrees:p:procaryote|procaryote]], [[glossaire:entrees:p:proteine|protéine]].
==== Génome nucléaire ====
La notion originelle de génome a évolué progressivement pour devenir l’ensemble des gènes d'un individu haploïde, diploïde ou polyploïde, qui les a hérités de ses parents. C’est ainsi que l’on parle du génome humain, ensemble de l’information génétique codée dans l’ADN nucléaire de l’homme, correspondant à plus de 30 000 gènes, et plus de 3,2 milliards de paires de bases, pour 23 paires de chromosomes.
**Voir :** [[glossaire:entrees:c:chromosome|chromosome]], [[glossaire:entrees:d:diploide|diploïde]], [[glossaire:entrees:h:haploide|haploïde]], [[glossaire:entrees:p:polyploidie|polyploïdie]].
==== Génome mitochondrial et génome chloroplastique ====
La plupart des ADN mitochondriaux et chloroplastiques sont généralement des molécules circulaires et ne constituent pas de chromosomes au sens habituel du terme.
=== ADN mitochondrial ===
L'ADN mitochondrial contrôle la synthèse de certaines des protéines nécessaires au fonctionnement des mitochondries et des ARN.
Le génome mitochondrial humain comporte 37 gènes, mais la plus grande partie des protéines mitochondriales est codée par le noyau. Par exemple, l'ADN nucléaire code de nombreux polypeptides de la chaîne respiratoire, ainsi que des protéines utiles au génome mitochondrial (réplication, transcription, traduction).
Des gènes mitochondriaux de certains végétaux (le tournesol, par exemple), rendent ceux-ci incapables de produire des gamètes mâles fertiles. C'est le phénomène dit de stérilité mâle cytoplasmique. Les individus possédant les organes mâles et femelles, mais mâles stériles, se comportent uniquement comme femelles et peuvent être croisés avec des individus mâles fertiles. En agronomie, cela permet de contrôler certains croisements et de produire des hybrides particuliers. La stérilité mâle est donc équivalente à une castration et interdit l'autogamie.
Chez l'homme, on connaît plusieurs maladies neuromusculaires résultant de mutations du génome mitochondrial.
Les mitochondries ne sont généralement transmises que par la mère. En effet le gamète femelle contient de nombreuses mitochondries et le spermatozoïde très peu. Toutefois il existe de nombreuses exceptions, en particulier chez les végétaux.
**Voir :** [[glossaire:entrees:a:autogamie|autogamie]], [[glossaire:entrees:c:chaine_respiratoire|chaîne respiratoire]], [[glossaire:entrees:f:fertile|fertile]], [[glossaire:entrees:h:hybride|hybride]], [[glossaire:entrees:m:mutation|mutation]], [[glossaire:entrees:s:spermatozoide|spermatozoïde]], [[glossaire:entrees:s:sterile|stérile]].
=== ADN chloroplastique ===
Chaque chloroplaste peut contenir une centaine de copies du génome.
Ce génome comporte une centaine de gènes, dont presque la moitié est impliquée dans son propre fonctionnement (réplication, transcription, traduction), et un quart synthétise des protéines intervenant dans la photosynthèse. Toutefois, génome chloroplastique et génome nucléaire doivent coopérer pour couvrir l'ensemble des besoins des chloroplastes.
==== Génome bactérien ====
Le génome bactérien est généralement contenu dans une molécule d'ADN circulaire, mais celle-ci peut être linéaire chez certaines bactéries. D'autre part, des bactéries possèdent, dans leur cytoplasme, d'autres molécules d'ADN plus petites (plasmides, épisomes). Il en est de même chez certains eucaryotes, comme des levures (champignons unicellulaires).
Selon les bactéries le nombre de gènes par génome varie beaucoup. Il se chiffre généralement en milliers.
==== Épigénome ====
L'épigénome est l'ensemble des marques apposées sur un génome, qui en modifient l'expression sans que les séquences nucléotidiques de l'ADN soient modifiées. Ces modifications, dites épigénétiques, activent ou inhibent l’expression des gènes.
L’alimentation, les stress biotiques (infections, par exemple) ou abiotiques (thermique, hydrique, pollution, etc.), les interactions comportementales, sont susceptibles de modifier les épigénomes et donc les organismes.
**Voir :** [[glossaire:entrees:e:epigenetique|épigénétique]], [[glossaire:entrees:i:infection|infection]], [[glossaire:entrees:o:organisme|organisme]], [[glossaire:entrees:p:pollution|pollution]].
==== Métagénome ====
Le métagénome est l'ensemble des génomes des populations bactériennes d'un milieu particulier (microbiote). Le métagénome intestinal est celui des bactéries colonisant l'intestin. Chez l'homme, on estime que le nombre des gènes qu’il code est vraisemblablement cent fois plus grand que celui du génome humain.
**Voir :** [[glossaire:entrees:m:microbiote|microbiote]].
===== Remarque linguistique et/ou historique =====
Le mot génome n’est pas, comme on peut le lire dans certains textes officiels, la combinaison des mots « gène » et « chromosome ». En effet, il ne faut pas confondre les terminaisons –ome (cas de génome), et –some (cas de chromosome).
La terminaison -ome n'a pas une signification unique. En biologie, elle entre dans la composition de mots désignant un ensemble de structures ayant une certaine unité : le génome (ensemble des gènes d'une cellule), le plastidome (ensemble des plastes), le protéome (ensemble des protéines), le vacuome (ensemble des vacuoles). En médecine, la terminaison –ome vient du grec //ôma//, tumeur. Elle entre dans la composition de mots désignant une tumeur (carcinome) ou une maladie (angiome, glaucome).
Par contre, le suffixe –some (du grec //sôma//, corps) entre dans la composition de mots désignant une structure précise : un chromosome, un centrosome, un ribosome, etc. On retrouve cette racine dans soma qui désigne la partie végétative (voir le terme « végétatif ») d'un organisme, par opposition au germen, sa partie sexuelle.
**Voir :** [[glossaire:entrees:g:germen|germen]], [[glossaire:entrees:p:plastidome|plastidome]], [[glossaire:entrees:s:soma|soma]], [[glossaire:entrees:v:vacuome|vacuome]], [[glossaire:entrees:v:vegetatif|végétatif]].